Mặc dù Rikyū đã là một trong những người đáng tin cậy nhất của Hideyoshi, vì những sự khác biệt quá lớn trong tư tưởng và vì vài lý do khác, Hideyoshi đã ra lệnh cho ông phải mổ bụng tự sát. Ông tự sát tại dinh thự Jurakudai của Hideyoshi tại Kyoto vào 28 tháng 2, 1591, ở tuổi bảy mươi[2]. Người ta nói rằng khi Hideyoshi xây tòa lâu đài xa hoa Fushimi năm sau đó, ông nói rằng ông muốn công trình và những họa tiết trang trí này sẽ làm vui lòng Rikyū. Ông có tiếng là dễ cáu kỉnh, và người ta cho rằng ông đã thực sự hối hận vì đã ra lệnh cho Rikyū phải tự sát[6].

Theo Okakura Kakuzo trong Trà thư, công việc cuối cùng của ông là tổ chức một lễ trà đạo tinh tế. Sau khi tiếp khách xong, ông đưa cho họ xem các trà cụ của mình, cùng với kakemono tinh vi, mà Okakura đã tả lại là "tuyệt bút của một vị thiền sư thời xưa về sự phù du của vạn vật." Rikyū tặng mỗi vị khách một loại trà cụ làm kỷ niệm, trừ bát uống trà, mà ông đập vỡ nó, thốt lên rằng "Chẳng bao giờ chiếc cốc này, vốn đã bị đôi môi bất hạnh làm hoen ố, còn được ai dùng nữa." Khi khách khứa đã ra về, một người ở lại để chứng kiến cái chết của Rikyū. Những chữ cuối cùng của Rikyū, ông viết thành bài thơ "Bảo kiếm (宝剣)" về con dao găm ông đã dùng để lấy đi mạng sống chính mình[7].

Mộ của Rikyū nay nằm ở đền Jukoin ở Daitokuji tại Kyoto; pháp danh sau khi qua đời của ông là Fushin'an Rikyu Soeki Koji. Đài tưởng niệm Rikyū vẫn được các trường dạy trà đạo Nhật Bản coi sóc hàng năm. Lễ tưởng niệm của trường Urasenke diễn ra vào ngày 28 tháng 3 hàng năm.